Необходимо строку

$stack[] = $v1 % $v2;

заменить на строку

$stack[] = (int) $v1 % $v2;

//...
// Only operators left.
switch ( $next[1] ) {
	case '%':
		$v2      = array_pop( $stack );
		$v1      = array_pop( $stack );
		$stack[] = (int) $v1 % $v2;
		break;

	case '||':
//...