Нам пригодится хак, который несколько лет гуляет по просторам интернета.

По сути, у нас задача противоположна выводу пустых подкатегорий товаров но в данном случае мы работаем с конкретной рубрикой, заданной вручную. Добавляйте код в файл функций functions.php нашей темы (или custom-function):

add_filter( 'get_terms', 'ts_get_subcategory_terms', 10, 3 );
function ts_get_subcategory_terms( $terms, $taxonomies, $args ) {
	$new_terms = array();
	if ( in_array( 'product_cat', $taxonomies ) && !is_admin() && is_shop() ) {
		foreach( $terms as $key => $term ) {
			if ( !in_array( $term->slug, array( 'uncategorised' ) ) ) { //ваш слаг категории
				$new_terms[] = $term;
			}
		}
		$terms = $new_terms;
	}
	return $terms;
}

uncategorised - это наша категория, которую хотим скрыть.